اویغورها در سوریه در واقع همان اعضای گروه موسوم به "حزب اسلامی ترکستانی” هستند که خواستار جدایی از چین می‌باشند. این حزب در اواخر دهه نود قرن گذشته توسط "ابو محمد الترکستانی” (حسن مخدوم ۱۹۴۶-۲۰۰۳) تشکیل شد. این حزب از اوایل سال ۲۰۱۳ شاخه ای را با نام "حزب اسلامی ترکستانی برای کمک به اهالی شام” تأسیس کرد.

عناصر این گروه تروریستی زیر پرچم گروههای تروریستی تکفیری "جبهه النصره” (القاعده در سوریه)، "احرار الشام” (اخوان المسلمین سوریه) در درگیریهای مختلفی در شمال سوریه (ادلب و حومه حلب) شرکت کرده اند. آنان دوره‌های آموزشی طولانی و ‌ویژه‌ای را گذرانده‌‌اند و گفته می‌شود که برخی از آنان پس از کسب تجارب بسیاری در درگیریها، انتخاب شدند تا به عنوان نوک پیکان عملیات مختلف، آموزشهای ویژه‌ای ببینند. 

حسن مخدوم همزمان با سیطره طالبان بر کابل و بسیاری از شهرهای افغانستان به این کشور سفر کرد. وی در آنجا زیر چتر حمایتی طالبان گروه موسوم به "حزب اسلامی ترکستانی” را تأسیس کرد. هدف از تأسیس این گروه جدایی ترکستان شرقی از چین بود. ترکستان شرقی منطقه‌ای در شمال غربی چین است که نام رسمی آن "شین جیانگ” می باشد.

در اکتبر ۲۰۰۳ ارتش پاکستان از هلاکت حسن مخدوم در عملیاتی در مرز افغانستان خبر داد. پس از آن "عبد الحق الترکستانی” جانشین مخدوم شد. این گروه چندین اردوگاه را در مناطق تحت کنترل طالبان و زیر نظر این تشکیلات تأسیس کرد، و در آن به آموزش جوانانی ۱۴ تا ۱۶ ساله پرداخت. گزارشهای بسیاری حاکی است که شمار قابل توجهی از جنگجویان طالبان اصالتا ترکستانی هستند و به نظر می آید که طی سالهای اخیر بسیاری از آنان به گروه های تروریستی در سوریه ملحق شده‌اند. 

روسیه در سال ۲۰۰۶ فعالیت این گروه را ممنوع اعلام کرد. چین هم اعضای این گروه را تروریستهای جدایی طلب می‌داند. از نظر آمریکا نیز این گروه بازوی طالبان در چین است. دولت آمریکا در سال ۲۰۰۹ این گروه را به عنوان یک گروه تروریستی معرفی کرد. سازمان ملل بعد از حملات ۱۱ سپتامبر ۲۰۰۱ این گروه را در فهرست سازمانهای تروریستی قرار داد.